En droit pénal fiscal, on distingue la réduction de peine et l'atténuation de peine : la réduction de peine s'effectue dans les limites du barème légal, tandis que l'atténuation de peine permet de descendre en dessous de ce barème, pour autant que les motifs d'atténuation prévus par la loi, conformément à l'article 48 du Code pénal, soient réunis. Dans la pratique, il existe toutefois souvent un flou terminologique, car l’atténuation de la peine est souvent utilisée à tort comme synonyme de réduction de la peine et il reste difficile de déterminer quelle circonstance relève de quel article – une situation compliquée par le principe de non-double incrimination. Bien que l’art. 48 CP soit applicable par analogie en droit fiscal, bon nombre des motifs qui y sont mentionnés sont difficilement transposables aux situations fiscales. Certains cantons, comme Lucerne, disposent de leurs propres listes de motifs d’atténuation de la peine, sans faire la distinction entre réduction et atténuation – ce qui pose un problème juridique.
Les différents motifs d’atténuation sont pondérés de manière variable et ne trouvent qu’une application sporadique dans la pratique. L’acte commis en état de détresse grave au sens de l’art. 48, let. a, ch. 2, CP est rarement pris en compte, car les difficultés financières sont généralement évaluées dans le cadre d’une procédure de remise de dette. De même, l’acte commis sous l’influence d’autrui au sens de l’art. 48, let. a, ch. 4, CP ne joue pratiquement aucun rôle ; dans ce cas, la dépendance vis-à-vis d’autres personnes n’est généralement prise en compte que lors de la détermination de la peine. Le repentir et la réparation au sens de l’art. 48, let. d, CP supposent que la personne concernée agisse de son plein gré, ce qui est rarement le cas, en particulier dans les procédures de régularisation fiscale. Néanmoins, une dénonciation spontanée est souvent reconnue même en l’absence de véritable repentir. Le temps écoulé et une bonne conduite entre-temps peuvent, conformément à l'art. 48, let. e, CP, conduire à une atténuation de la peine lorsque la nécessité de la peine semble réduite en raison de la longue durée de la procédure. Enfin, le traitement des cas particulièrement bénins est réglementé différemment selon les cantons : alors qu’à Lucerne, on renonce parfois à infliger une amende en cas de faute légère, le canton de Bâle-Campagne applique de manière analogue les art. 52 à 54 CP.
Dans le canton de Zurich, les impôts déjà payés à l'étranger (dans les cas où le centre de vie a été mal déterminé) peuvent être déduits d'une amende pour soustraction fiscale prononcée dans le cadre d'une procédure de rappel d'impôt. D'après notre expérience, il ne s'agit toutefois pas d'une pratique constante de l'administration fiscale cantonale, mais d'une mesure appliquée uniquement de manière ponctuelle afin d'éviter les cas de rigueur. La signature d'un engagement est alors requise : « Par la présente, je confirme expressément et irrévocablement (engagement) que je n'engagerai pas, pour la période fiscale […], de procédure d'accord amiable entre la Suisse et […] ni ne réclamerai par d'autres moyens le remboursement des […] pour la période fiscale […] par d’autres moyens, à condition que ces impôts déjà payés soient intégralement déduits d’une éventuelle amende dans le cadre de la procédure de poursuite pour amendes».